隐藏在刀中的“真相”，撕裂了黑暗的夜晚，现在被引导到月下——北海道・函馆的斧江财阀的储藏库收到了怪盗基德的预告信。这次基德瞄准的是，生活在幕末的新选组副长・据说是与土方岁三有关的日本刀。追求大宝石的基德，为什么瞄准的是刀……？另一方面，西的名侦探・服部平次和柯南等人也为了在函馆举行的剑道大会而访问了当地，犯行预告当日，平次成功识破基德的伪装并追捕他……！？同一时间，在函馆仓库街发现一具胸部有十文字割伤的尸体。在搜查线上浮现的是一个被称为“死亡商人”，在亚洲一带作为武器商人的日裔美国人。他正在寻找被认为被战时与军需产业密切相关的斧江家第一代当主藏在函馆某处的宝藏。还有传言说，那是一种强大的武器，足以改变当时日本败局深重的战况……然后，那个宝物和基德瞄准的刀似乎有关系，针对瞄准刀的基德，神秘的“剑士”的影子逼近……天下分明的宝物争夺战推理在这里开幕──！
